科普盧星區，亡者之港，「九頭蛇」號護衛艦。
楊毅的耳旁迴響着系統的機械音，心中有些感慨。
三年前，他還只是一位21世紀的普通學生，在學校里過着兩點一線的生活。但是就在某一夜，他只是睡夢中聽到了一聲刺耳的爆炸聲，他就發現自己出現在了一個陌生的房間之中。
他花了很長時間才搞清楚自己究竟在哪裡。那時他在2501年的泰倫帝國首都克哈星境內，是一位遵紀守法的帝國好公民。
他本來以為自己穿越過來之後會和里的主角一樣有什麼超能力。結果一番折騰下來發現自己根本啥也沒有，甚至還被帝國安全部門警告了一次，最後他只能放棄這些想法，安下心來當一位守法好公民。
半年前，即2503年年末，他應企業要求陪同一位企業僱員一同搭乘旅行船前往凱莫瑞安聯合體與一家聯合體下屬企業洽談，沒想到路上被一夥凱莫瑞安海盜給出手搶劫。所有乘員被劫到了海盜船的主力艦上。
但是更加戲劇性的是，這實際上是一次帝國安全部門的秘密行動。在船員被擄上船隻的瞬間，數名偽裝成乘客和船員的帝國安全局僱員立刻開火，直接在主力艦內打了海盜一個措手不及。
接着雙方在艦船內部不斷交火，混亂之中楊毅被海盜船員帶到了艦橋。原本他是要被海盜當做籌碼的，結果在對峙時不小心被楊毅摸到了星圖控制台，那天籟般的聲音直到現在還在楊毅的耳邊徘徊。
「偵測到可融合艦船，型號為『凱莫瑞安聯合體海盜主力艦』，是否融合？」
接下來的事情就很容易猜測到了，在一陣刺眼的白光之後，楊毅的雙眼被那白光刺得還沒緩過來之前，就聽到了陣陣慘叫。等他再一睜眼，除了他和那個女人之外，其他人都已經被放倒在了地上——包括一名隱藏在暗中的帝國幽靈特工。
經歷了人生中的大起大落之下，楊毅只感覺到腦子有些昏沉。女人扶着他到了艦長席上歇息了一會，楊毅這才從女人口中得知了一切。
眼前這個女人，就是這艘海盜主力艦的艦娘。楊毅在選擇融合之後所誕生的一位從屬於他的艦娘。可以一己之力輕鬆操控整艘艦船，按理來說應該只存在於二次元的生物。
當然，作為艦娘她的能力遠不止這些。
和人類，異蟲以及星靈都不同的是，艦娘也有靈能，但是艦娘的靈能來源於其本身艦體的反應爐。說白了，她們的反應爐等級越高，或者簡單來說，反應爐越強大，她們的靈能水平就越強大。黑玫瑰的靈能水平就在8級左右，可以心靈感應，集中精神的話還可以進行意念移物。像是亞頓之矛如果變成艦娘，以一顆人工恆星作為動力爐的她可能會達到薩爾那加的靈能水平……
除此之外，