用軍功授勛制來提升軍隊的作戰能力和凝聚力並不是馬仲英的一時之意，其時歷朝歷代都有一套完善的制度，例如朱元章開創大明就曾定下祖制，非軍功不得授爵，但這種制度卻又有一定的缺陷性，這便是襲爵制。
襲爵制就是指原有爵位的第一繼承人承襲爵位，對於世子以外的其餘繼承人則減三等襲爵，這種制度令得大量不學無術的勛貴子弟可以躺在祖先的功勞簿上繼承爵位和軍職，導致了軍隊作戰能力的急劇下降，楚軍面前的滿清政權就是最好的例子，入關才四十年不到，就從當初吹噓的「滿洲不及萬，滿萬不可敵」，淪落到依靠綠營兵才能上戰場得境地。
要保證楚軍的戰鬥力，馬仲英未的軍功授爵制，就必須要吸取明朝和偽清的教訓，為此，馬仲英採用了秦朝的軍功爵制，同時加入了勳章體係。
新的楚軍軍功爵制規定，士兵只要斬獲旗兵一名，便可以升遷一級官位了。這旗兵還要看歸屬哪個旗，漢軍旗和蒙軍旗的旗兵只能升為副職，滿八旗為正職，當然，斬獲綠營兵同樣能晉級，不過需要十名綠營才能抵一名漢八旗。
而且，馬仲英還規定必須在將敵人俘虜或者殺死之後，將其首級帶回，作為軍功的證據。此外，凡行伍中人，不論出身門第，一律按照其所立軍功的大小接受賞賜。
即便是高高在上的朱明和馬家宗室，也必須遵循這一標准，宗室之人未立軍功者便不得列入宗族的簿籍，不得擁有爵位，馬仲英至今不給兩個哥哥封爵，其目的就是為了給全軍做一個表率。如果立功者戰死疆場，那他的功勞還可以記在兒子或兄弟頭上，這便是，一人立功，全家受益，但只限於當代。
此外馬仲英還規定，伯爵以上者可襲爵三代，三代後，若無有軍功，則逐代下降，比如李興的封爵是趙國公，從他開始三代後，若沒有足夠的功勛，他重孫的爵位就要降為侯爵，第五代就降為伯爵，直至奪爵。
這樣的軍功爵制，為的就是安撫已經封爵的將左之心，同時讓他們不放鬆對子嗣的教育。
至於勳章制度，馬仲英則推出了，《楚軍勛賞條例》，條例明文規定：「凡國之軍人，對於國家建有勛績或鎮攝內亂立有勛績者，均得頒給勳章。此外，非軍事人員於戰事建有勛功者，亦可頒給之。
按馬仲英的設想，楚軍勳章分為三等，主要根據士兵或者將官在戰場上的表現頒佈勳章，能製造出於國有利的武器，機械，對於國家有重大貢獻的普通百姓、醫療人員乃是販夫走卒，亦可以得到楚軍勳章。
「待江南製造局建成後，先給孤打造一批金牌，分銅、銀、金三種，不要太大，有這個圈大就可以了，上面刻上我楚軍軍旗，軍旗下分別再刻上一等、二等、三等，待拿下武昌後，孤有大用。」
按照現有的工業水平，馬仲英顯然打造不出後世那些精巧華麗的勳章，但該有的意