一個月後，蒙毅傳回了好消息，李斯猶豫一番後最終決定回歸咸陽。
那日李斯收到公子扶蘇的親筆信，糾結一番後拆開看了一遍。扶蘇在信中言辭懇切地希望李斯能回歸咸陽輔佐自己，並在信中點明了李斯當下的處境：「胡亥昏聵，趙高自恃功高專權，若不早歸咸陽，早晚必為趙高、胡亥所害」。看完扶蘇的書信後，李斯百感交集，猶豫再三後最終踏上了回歸咸陽之路。
李斯到達咸陽時，公子扶蘇出城十裏親自迎接。當李斯的車駕到達咸陽城外時，李斯一眼就看到了站在直道上迎接自己的公子扶蘇一行，立即命車夫停車，下車後奔向公子扶蘇。
「公子，臣李斯愧對公子」李斯跪倒在扶蘇跟前，聲淚俱下。
「丞相，快快請起，切不可如此」扶蘇俯身扶起李斯說道。
「今丞相來歸，扶蘇心中不甚歡喜」
「公子，李斯何德何能，承蒙公子如此賞識」李斯就要再次拜倒。被扶蘇拉住了。
「沙丘之事，我知道非丞相本意，乃是趙高脅迫所致，我不怪丞相，丞相輔佐先帝掃滅六國，功不可沒。扶蘇斗膽請老丞相相助，復我大秦國力。」
「臣李斯謝公子，老臣必當竭盡全力輔佐公子」李斯信誓旦旦地對扶蘇表著忠心。
扶蘇知道李斯是真心實意。得到李斯輔佐，扶蘇的壓力會減輕很多。雖然大秦一半國土已落入各個叛軍手中，但是政務卻比以前更加繁多了，正所謂亂世多紛憂。回去的時候扶蘇刻意安排李斯坐他的車駕回的咸陽。畢竟朝中很多大臣對李斯是有意見的，所以李斯出仕一事需要扶蘇站台。好在扶蘇之前發佈檄文時刻意漏掉了李斯，沒有將李斯在沙丘之變中的所為公諸於眾，否則朝中反對李斯的聲音是絕非扶蘇所能壓制的。
翌日，咸陽宮麒麟殿。扶蘇頂住了壓力任命李斯為丞相。並且做出了監國以來的首個重要決策：
「丞相，還有多少民夫軍役在修築驪山皇陵、長城和阿房宮」扶蘇看着李斯問道。
「稟公子，驪山皇陵有民夫十二萬abc 餘人，軍役兩萬。長城有民夫三十萬五千餘人，軍役五萬兩千餘人。阿房宮有民夫五萬七千餘人，軍役一萬餘人」李斯精準地報出了三項工程的役工數量。扶蘇滿意地點了點頭。
「列位臣公，此三項工程損耗巨大，使我大秦百姓苦難深重，我意裁減兩項工程服役民夫，以減輕我大秦百姓負擔。」扶蘇拋出引子後等著看群臣的反應。
「公子，匈奴連年犯我北境，多次深入內地劫掠，長城阻擋了匈奴犯境的兵威，使我隴西、北地，上郡、雲中四郡得以安寧，今公子意欲裁減長城服役軍民，恐長城四郡又要遭匈奴屠戮了。修築皇陵，乃我朝要事，不可廢懈。臣以為唯有修建阿房宮一事，可裁減民夫軍役，咸陽已有章台宮、興樂宮、甘泉宮等諸多宮室，修築阿房宮之事可暫緩一時。」待詔博士叔孫通稟告道。
眾臣有些匪夷所思地看着叔孫通，先帝時期曾有大臣勸諫始皇帝不要修築阿房宮，反被始皇帝賜死。之後再也沒有人敢於直言修建阿房宮的弊